分析软件 Bruker ProteoScape™

数据库采集用于仪器

TIMScoreTM 引入 CCS 维度来为 4D-蛋白质组学提供更高的 PSM ( peptide-spectrum Match )、肽段和蛋白质鉴定数量。 Bruker ProteoScapeTM 搜索引擎将 CCS 测量值与预测值进行比较，并计算出每张谱图对应的前五个候选肽段的 TIMScore 值。 TIMScore 的优势体现在肽段验证和 FDR ( False Discovery Rate ) 评估中，在不支持 CCS 值的算法中，目标肽段和候选肽段基于 1% 误差进行的判定 ( Panel A )。而支持 CCS 值的 TIMScore 算法中，候选肽段可在三个维度上矢量化，从而能够通过可显著区分的等值平面来进行 1% 误差卡控 ( Panel B )。 使用等值平面判定可提高准确性和精确度，有助于验证以前在传统二维数据中评分不佳的 PSM。 为进一步推进免疫肽组学、宏蛋白组学及其他更多基于从头测序模式的应用，我们与 Rapid Novor Inc. 联合开发了 BPS Novor。这在充分发挥实时搜库功能的基础上为 timsTOF 数据获取快速精准的从头测序分析结果提供了解决方案。 BPS Novor 通过训练和优化 timsTOF 采集的 1,780,000 多张谱图，包括各种各样非酶切谱图，从而构建了一个广义打分模型。这个模型每秒能处理超过 1000 张谱图，时期能够分析 timsTOF 产生的实时从头测序数据。BPS Novor 在各种各样数据类型上能够持续保持并优于 Novor 软件标准。 BPS Novor 在酶切特异性或物种上没有明显的偏好性，且比速度上比其他软件快 20 倍。 通过与 timsTOF 平台的 PASEF 扫描技术结合，Bruker ProteoScapeTM 和 BPS Novor 为一系列免疫肽组学从头测序数据的实时搜库提供了高灵敏度的应用方案。